Když koncentrace estrogenu ve 26. dni menstruačního cyklu poklesne, začne se často v hlavě ozývat v reakci na jeho nedostatek - migréna. Menstruační migréna není provázena aurou, projevuje se pouze v prvních třech dnech menstruace a v žádné jiné fázi menstruačního cyklu.
U těchto pacientek může být léčbou dodání estrogenů ve fázi, kdy dochází k jeho poklesu. Účinek byl klinickým výzkumem prokázán – ale pouze u žen, jejichž migréna byla spojena s výrazným poklesem koncentrace estrogenu v krvi.

Naproti tomu existují migreničky, jimž dodání estrogenů (na příklad ve formě hormonální antikoncepce nebo hormonální léčby v klimakteriu) potíže zhoršuje. Proto je nutné podání estrogenů ženám, trpícím tímto typem bolestí hlavy, vždy individuálně posoudit, případně doporučit vyšetření hormonálního stavu v průběhu menstruačního cyklu s ohledem na výskyt migrenózních potíží.