Chlamydie napadají močovou trubici a u žen děložní čípek. U mužů způsobují tak zvané nekapavčité záněty močové roury.
Jestliže se infekce neléčí, může vést – hlavně u žen - k závažným následkům. Prvním znakem chlamydie je bolestivý vřídek na genitálu. Asi po týdnu se objeví zduření mízních uzlin v tříslech, provázené horečkou a zimnicí. V posledním stadiu dochází k rozsáhlému zánětu pohlavních orgánů a konečníku, u žen až rozpadu dělohy a vaječníků. Výsledkem bývá často neplodnost. U mužů bývá pálení a bolest při močení. Problém je, že u některých probíhá bezpříznakově a muž se stává trvalým zdrojem infekce pro všechny sexuální partnerky.

Oční nákaza chlamydiemi, takzvaný trachom, byla známa už ve starověku, možnost pohlavního přenosu a zařazení chlamydií mezi STD („sexually transmitted diseases“) je ale záležitostí moderních poznatků lékařské vědy.

Léčba je antibiotická, zejména v počátečních fázích onemocnění. Pokud nemoc přejde do chronické fáze, léčí se velmi obtížně, někdy celé měsíce.