Zdravotní rizika klimatizace jsou spojena také se znečištěním filtrů. S chladným proudem vzduchu se mohou šířit do místnosti infekce a plísně.

Klimatizace snižuje vlhkost vzduchu, takže vysušuje nosní sliznice. Zdravou sliznici dýchacích cest pokrývá vrstvička hlenu, která ji chrání proti vpádu virů. U lidí, kteří pobývají v klimatizovaných místnostech častěji, se však tato ochranná vrstva vysušuje a riziko nákazy stoupá.

Zdravotní problémy mohou způsobovat také větráky na pracovním stole, pokud ženou vzduch přímo na člověka. Proud vzduchu vysušuje pokožku a způsobuje pálení očí. Větráky by proto neměly směřovat vzduch přímo, ale protáčet ho v místnosti, tím skutečně lidem od pocitu vedra uleví.

Některým lidem vadí, že klimatizace a větráky hlučí a že si v klimatizované místnosti nemohou otevřít okno. Je to zčásti psychická reakce, v uzavřené místnosti mají pocit, že jsou v kleci.

Názory lidí na to, jak má být teplo či chladno na pracovišti, se liší. Vybírat si nemohou například pokladní v klimatizovaných centrech či zaměstnanci úřadů a bank. Tráví v klimatizovaných prostorách celou pracovní dobu. Odborníci jim radí alespoň se vybavit svetrem a teplými ponožkami.

V tropických dnech před bouřkou bývá větší počet zranění i silničních nehod. Je-li venku 30 stupňů, je v kabině auta bez klimatizace o třetinu více. Člověk se potí, tělo ztrácí vodu, krevní oběh se zrychluje, tlak stoupá. Důležité tedy je dostatečně pít, a pokud je auto vybaveno klimatizací, zapnout ji na odpovídající hodnoty.

Nejen pobyt, ale i odchod z klimatizovaného prostoru může být pro organismus zátěží. Proto než se člověk vydá z klimatizovaného prostoru do horkých ulic, měl by chvíli setrvat v místě bez klimatizace, například na chodbě, a napít se vlažné minerálky.