Po vlně kritiky vrátilo ministerstvo do sítě zlínské centrum. Obnovu pardubického centra neúspěšně podpořily v petici desetitisíce lidí. Podle ministerstva je soustředění péče do menšího počtu lépe vybavených center se zkušenými odborníky pro pacienty výhodné. Centra dostávají peníze z evropských fondů a jedině ona smějí dávat pacientům moderní biologickou léčbu.
Podle předsedy vědecké rady ČLK Aleše Hermana provedlo ministerstvo místo auditu „invalidní šetření“. Vyřazená centra se nedozvěděla důvod. Pacienti nabyli dojmu, že v těchto centrech se léčí špatně.  „Pacienti se ve svém zoufalství chovají zcela logicky, když čtou, že někde je péče lepší, jdou tam,“ vysvětlil Herman. Naopak komplexní centra se musejí zabývat i případy, kterými by se měly zabývat běžné onkologické ambulance.
ČLK se dohodla s Českou onkologickou společností, že by měly být provedeny skutečné klinické audity. Dělat by je měly odborné lékařské společnosti, nikoli ministerstvo jako vloni a měly by prověřit kvalitu péče a vybavení všech onkologických center. Audity by trvaly pět až šest měsíců a výsledkem by byla podrobná zpráva pro každé hodnocené centrum. Vědecká rada ČLK trvá na tom, že se do doby, než se uskuteční nové audity, musí zastavit proces rušení statutu komplexních onkologických center a rozdělení evropských dotací.
Vědecká rada chce podle Hermana vydat pacientům poselství, že onkologická péče v Česku je na vysoké úrovni. Onkologické ambulance jsou navázané na spádová centra takzvaně komplexní, kde dostanou pacienti nejmodernější biologickou léčbu. Tu ale potřebuje jen zhruba deset procent nemocných, ostatní by se měli léčit v běžných ambulancích. „Péče by se měla rozvrstvit rovnoměrně, jinak se prodlužuje čekání na léčbu a pacienty to poškozuje,“ zdůraznil Herman.
K auditu, který provedlo ministerstvo, poznamenal, že audit nesplnil podmínky klinického auditu. Po každém auditu má kontrolovaný dostat zprávu, co bylo dobře, co špatně a co je možno opravit. Nebo se dozví, že závady jsou takového rázu, že je nelze opravit.