Éru transplantací srdce zahájil IKEM s odstupem šestnácti let od světové premiéry profesora Christiana Barnarda v jihoafrickém Kapském Městě (3. prosince 1967). Osm měsíců po Barnardovi se pokusili o vůbec první přenos srdce v Československu lékaři v Bratislavě pod vedením profesora Karola Šišky. Srdce, které voperovali padesátileté pacientce, pracovalo však jen pět hodin, Barnardův pacient Louis Washkansky přežil 18 dnů. V pionýrských dobách jen asi sedm procent pacientů přežilo déle než rok. Obrat přišel až s vývojem léků usnadňujících přijetí cizích orgánů.
Lékaři IKEM se na transplantace srdce připravovali od konce 70. let, mimo jiné ve světovém transplantačním centru Stanfordovy univerzity. K zahájení a rozvoji programů transplantací vůbec tehdy zásadně přispěl přední odborník, přednosta Centra výzkumu transplantací orgánů a v letech 1983 až 1990 ředitel IKEM Vladimír Kočandrle. Pod jeho vedením tým profesora Pavla Firta provedl 31. ledna 1984 nejen první úspěšnou československou, respektive českou náhradu srdce, ale i první takový úspěšný zákrok ve východní Evropě.
Pacient, tehdy čtyřiačtyřicetiletý technik Josef Divina dostal srdce muže o devět let mladšího. Z nemocnice ho po náročné rekonvalescenci propustili 16. března a už 27. srpna se vrátil do práce – v tom měl světový primát. Žil pak v kondici, kterou odhadoval na 60 procent té původní, 13 a půl roku. Zemřel 7. června 1997 na selhání ledvin, způsobené dlouhodobou farmakologickou zátěží organismu.
V jednoročním i dlouhodobějším přežívání pacientů se současná česká medicína pohybuje nad celosvětovým průměrem. U ročního je to 80 až 90 procent, pět let po transplantaci přežívá kolem 70 procent a deset let stále ještě přes 50 procent pacientů. S novým srdcem žijí tři čtvrtiny pacientů déle než deset let, zatímco dříve to byla polovina. Český rekord nejdéle žijícího člověka po transplantaci srdce drží pacient číslo tři Rudolf Sekava, operovaný 23. října 1984.
V Česku se srdce transplantují ve dvou centrech – v Praze a od roku 1992 v Brně. IKEM si od začátku udržuje postavení největšího pracoviště zaměřeného na srdeční operace. V roce 2007 tu provedli na 1150 těchto výkonů, z toho 44 transplantací srdce. Jednou z nich byla i první úspěšná kombinovaná transplantace srdce a plic v Česku. Vloni v květnu si připsali tisící transplantaci srdce v republice a celkem vloni uskutečnili 40 transplantací ze souhrnu 59 výkonů v obou centrech. Od zahájení klinického programu tak lékaři v IKEM transplantovali již 710 srdcí (více než 170 z nich má na kontě dlouholetý přednosta zdejšího Kardiocentra Jan Pirk).
Ročně se v Česku uskuteční 50 až 60 transplantací srdce, brněnské Centrum kardiovaskulární a transplantační chirurgie má na kontě třetinu z nich, celkem už přes tři stovky. Vloni například transplantovali 19 srdcí, rok před tím 25. V Brně také jako jediní provádějí transplantace srdce i u dětí.
Průměrná čekací doba na nové srdce je šest měsíců, ale řada čekatelů, asi 20 procent, se kvůli nedostatku dárců orgánů výměny nedožije. Pacientům při čekání na vhodný orgán však významně pomáhá srdce umělé. Od roku 2003, kdy v IKEM provedli první implantaci, zachránilo život už kolem padesátky pacientů.