Transplantační program u dětí zahájili v roce 1989 lékaři v pražské Fakultní nemocnici v Motole (FNM). U jeho zrodu stál profesor Jan Starý, nynější přednosta motolské kliniky dětské hematologie a onkologie. Hned v začátcích se snažil o vybudování sítě spolupracovníků z dětských pracovišť v rámci celé republiky, kteří by podchytili pacienty indikované k transplantaci a měli vhodného sourozence k darování. Transplantace od nepříbuzenského dárce byla v té době ještě považována za experimentální metodu. V Motole s nimi začali o osm let později a jejich počet trvale narůstá.

Od pionýrských dob, kdy začínali s jedním lůžkem, mají dnes v Motole lékaři a především dětští pacienti k dispozici nejmoderněji vybavenou transplantační jednotku s deseti plně filtro-ventilovanými pokoji, kterou otevřeli v březnu 2003. Náročný léčebný zákrok tu ročně podstoupí na 50 dětí z celé republiky. Za 20 let tu transplantovali kostní dřeň už více než 500 dětem. Vlastním štěpem bylo transplantováno více než 100 dětí, téměř 170 dětí štěpem od rodinného dárce a více než 200 dětí štěpem dobrovolného dárce z registrů. Pomáhá i pupečníková krev, s jejím použitím bylo transplantováno přes 25 dětí.

Transplantací je více než pacientů, protože některé děti musejí být transplantovány opakovaně. V současnosti se vyléčí na 70 až 80 procent nemocných (v počátcích se pohybovala úspěšnost zákroku kolem 45 procent), k čemuž přispívá pokrok medicíny. Nyní lze téměř pro každého pacienta najít brzy vhodného dárce. Zhruba pětina nepříbuzenských dárců se najde v českých registrech a pětina jich pochází z amerického kontinentu. Český národní registr dárců dřeně v Plzni pracuje od roku 1992, Český registr dárců krvetvorných buněk v Praze vznikl o rok dříve, Banka pupečníkové krve funguje od roku 1996. V ČR je tak na 60.000 dárců ochotných pomoci. Ve světě je v asi 60 propojených registrech evidováno 13 milionů dárců.

Druhým centrem, kde se transplantace kostní dřeně a kmenových buněk krvetvorby u dětí provádějí, je od roku 1998 klinika dětské onkologie v Brně. Před třemi lety tu otevřeli moderní novou transplantační jednotku se šesti, navzájem izolovanými lůžky intenzivní a resuscitační péče. Ročně tu transplantují kostní dřeň deseti až 15 dětem. Specializují se tu na autologní transplantace, u kterých se pacientovi vrací jeho vlastní dřeň. Celkem tu už udělali na 300 takových zákroků. Transplantace příbuzenské či od cizích dárců jsou v začátcích a počítají se spíše v jednotkách.

Historie transplantací kostní dřeně v Česku, respektive v Československu sahá do 60. let, kdy se o ni pokusili lékaři v Ústřední vojenské nemocnici a také v Ústavu hematologie a krevní transfuze (ÚHKT). Zlom nastal s objevením HLA systému (vyšetření na tkáňové nebo také transplantační znaky). První transplantaci kostní dřeně s využitím kompatibility v HLA systému provedli v roce 1976 v Hradci Králové. Pražský ÚHKT se do dějin této léčby zapsal v roce 1986 první alogenní transplantací (od cizího dárce) a také první transplantací kostní dřeně od nepříbuzného dárce v Československu v roce 1991. V současné době se transplantace krvetvorné tkáně vedle Prahy, Brna a Plzně provádějí také v Hradci Králové a v Olomouci.