Virus se vyskytuje hlavně v krvi, spermatu a vaginálních sekretech infikovaných osob. Tyto tekutiny jsou hlavním prostředníkem přenosu viru. Virus byl v nepatrném množství zjištěn i v dalších tělních tekutinách (ve slinách, slzách, potu apod.). V nich se však zpravidla vyskytuje pouze v podprahovém množství, které k vyvolání infekce nestačí. I když by tyto tekutiny „teoreticky“ mohly být zdrojem infekce, a to v případě, že by se dostaly do styku s krví daného jedince, zdá se, že v praxi se na šíření viru nepodílejí.

K přenosu viru HIV může dojít při sexuálním styku vaginálním nebo análním, ať už heterosexuálním nebo homosexuálním. Riziko infekce pochopitelně stoupá s počtem pohlavních styků, ale infikovat se lze i jediným stykem, tedy i prvním.
Existují údaje, které ukazují, že riziko přenosu z muže na ženu je vyšší než ve směru žena-muž. U ženy se vzhledem ke krvácení za nejinfekčnější období pokládá menstruace.

Infikovaný člověk je nakažlivý prakticky okamžitě po vniku HIV do organismu a jeho replikaci ve vnímavých buňkách, tedy ještě v inkubační době před rozvojem akutní infekce. Nakažlivým zůstává až do konce svého života. Stupeň nakažlivosti se liší podle množství vylučovaného viru v závislosti na fázi infekce, ve které se infikovaná osoba nachází. Největší množství viru se vylučuje v akutním stadiu, méně v době latentní fáze a jeho množství opětovně stoupá v období klinického AIDS.

Infekce se z vyšetření krve při zjišťování pozitivity HIV/AIDS projeví nejdříve po 60 dnech, ale častěji až za tři měsíce.